האגף לתכנון מדיניות ריכז את עבודת המטה במשרד ראש הממשלה בנושא הטיפול בעורף. בין יתר הדברים, עסק האגף במהלך מלחמת לבנון השנייה בשאלת הפעלת רשות החירום הלאומית, ההכרזה על "מצב מיוחד בעורף", פינוי ורענון אוכלוסיה באזורים המותקפים ומדיניות הסיוע הממשלתית לתושבים.

מתום המלחמה ועד למאי 2007, ריכז האגף את העבודה לחיזוק העורף בטווח המיידי וסייע  בהנעת תהליכים לתיקון הליקויים שהתגלו, במסגרת תפיסת המדיניות של משרד ראש הממשלה, אשר השתקפה בתגובת המשרד לטיוטת דו"ח מבקר המדינה אשר עסק בנושא בהרחבה וביסודיות.

האגף היווה גורם מרכזי בקביעת סדר העדיפויות לטיפול בנושאים והשתתף, לצד המועצה לביטחון לאומי, בעבודת המטה לקביעת הגורם עליו תוטל אחריות העל לטיפול בעורף. המלצת האגף כי האחריות תוטל על שר הביטחון לתקופה של חמש שנים התקבלה, ובעקבותיה גובשה החלטת הממשלה אשר קבעה זאת.

בשנה שלאחר מאי 2007, ליווה האגף מטעם מנכ"ל משרד ראש הממשלה את תהליכי הקמת רשות החירום הלאומית במשרד הביטחון, אשר עוגנה בהחלטת הממשלה נוספת. באוגוסט 2008 אישרה הממשלה את הצעתו של שר הביטחון, ומינתה את זאב צוק רם לתפקיד מנהל הרשות.

בהיבט אחר, גיבש האגף לתכנון מדיניות תפיסת עבודה לקשר שבין הממשלה לבין המגזר השלישי במצבי חירום. האגף הכין מצע לדיון בנושא, אשר הועבר לסגן שר הביטחון ולגופים השונים העוסקים בנושא, המתבסס על עקרונות המדיניות שאישרה הממשלה בהחלטתה בנושא יחסי המגזרים בישראל בפברואר 2008.

ימים ספורים מראשית מבצע "עופרת יצוקה", הוקם שולחן עגול בנושא מצב החירום הלאומי, אותו הובילה רשות החירום הלאומית במשרד הביטחון, ובסיוע האגף לתכנון מדיניות במשרד ראש הממשלה. לראשונה בישראל, התכנס שולחן תלת מגזרי בזמן חירום לדון בדרכים לחיזוק שת"פ והתיאום בין המגזרים אשר תכליתו סיוע לעורף וחיזוק החוסן הלאומי על בסיס שבועי. בראש השולחן עמד סגן שר הביטחון מר מתן וילנאי כנובע מהחלטת ממשלה המטילה עליו את האחריות הכוללת לטיפול בעורף. בתום כל דיון פורסמה איגרת סיכום משותפת; אגרת סיכום ראשונה, שנייה ושלישית.