המשרד לפיתוח הנגב והגליל פועל בנגב מתוקף החלטת הממשלה מס' 4415 מיום 20/11/05 והחלטת הממשלה מס' 747 מיום 27/11/06. 
המשרד פועל גיאוגרפית בנגב ובגליל מתוקף חוק הרשות לפיתוח הנגב משנת 1991 וחוק הרשות לפיתוח הגליל משנת 1993. 

תקציב המשרד מופנה לקידום פרויקטים באזורי הנגב והגליל המוגדרים כאזורי עדיפות לאומית א' ו-ב'.

כרבע מתקציב המשרד מופנה לתחום התעסוקה.

יתרת התקציב מתחלקת בין תחומי החינוך, התיירות, הרווחה, הבריאות, הקהילה והבינוי.